O Projeto Empresa Amiga, iniciado no ano 2014, pelo setor de Captação de Recursos da APAE SMS, tem como objetivo estreitar laços com as empresas do município e da região, incentivando a responsabilidade social e a destinação de verba de forma voluntária e, como apoio e incentivo, para projetos desenvolvidos pela instituição. Para se enquadrar como uma Empresa Amiga, a pessoa jurídica deve procurar o setor de Captação de Recursos da APAE, definir o valor mensal da contribuição e se informar sobre as contrapartidas recebidas. Além do certificado de responsabilidade social, que pode ser exibido na própria empresa, a APAE SMS oferece um calendário de divulgação da marca nas plataformas de comunicação a fim de mostrar para a sociedade quem são as Empresas Amigas do município. Atualmente, a APAE SMS conta com 40 Empresas Amigas.